鸡呼吸道疾病综合征的直接病因是传染性因素，其中主要有败血支原体、大肠杆菌、副鸡嗜血杆菌、传染性支气管炎病毒、喉气管炎病毒、新城疫病毒、禽流感病毒、禽肺病毒等。间接病因包括环境因素（温度、鸡舍的空气质量和湿度）、应激反应（疫苗接种、转群、饲养密度、缺水等）、营养（如营养不良、维生素A缺乏）等，均可以诱发或促进鸡呼吸道疾病综合征的发生和发展。除了以上因素外，一些能引起免疫抑制的疾病包括马立克氏病、传染性法氏囊病、贫血因子感染、呼肠孤病毒感染、禽白血病、网状内皮组织增殖病以及饲料中霉菌毒素含量过高导致的霉菌毒素中毒都可以降低鸡的免疫力，促进呼吸道疾病的发生。
对鸡造成的危害 鸡呼吸道疾病综合征可引起肉鸡生长速度显著降低，料肉比明显提高；蛋鸡和种鸡的产蛋率降低、畸形蛋增多、种蛋孵化率降低、健雏率下降。肉鸡生长过程中容易发生呼吸道疾病，或在免疫呼吸道活病毒疫苗时，非常容易发生严重的疫苗反应，造成药物费用的增加和生产损失。
由于败血支原体和大肠杆菌的混合感染，造成严重的气囊炎、心包炎和肝周围炎等，引起死亡率和淘汰率的显著提高。据统计，种鸡感染败血支原体后，饲料转化率降低10%～20%、死淘率上升10%～20%；开产日龄推迟2周、峰期产蛋率降5%～10%；蛋鸡的产蛋率下降10%～20%；种蛋孵化率降低5%～10%、雏鸡的弱雏增加10%、肉鸡的体重降低38%、出栏时间延长、治疗成本上升。
发病机理 鸡的呼吸道疾病综合征主要是由败血支原体、大肠杆菌以及病毒等共同作用引起的，其中败血支原体发挥主要作用，即支原体、大肠杆菌、病毒等因素在不良环境因素条件下，结合免疫抑制性疾病，可以发生严重的呼吸道疾病综合征。支原体主要存在于气管、气囊上，在应激因素的影响下或有免疫抑制的条件下，机体抵抗力降低，支原体可以大量繁殖，数量增多，毒力增强，破坏气管、支气管纤毛，使纤毛的摆动力减弱，排斥异物的能力降低，其它细菌性、病毒性病原更容易随尘埃沉降到肺泡、细支气管，或直接蔓延到气囊，引起发病。有时支原体的启动作用完成后，对鸡造成死亡的主要原因可能就是大肠杆菌或其它病原。
肺炎支原体经常存在于病鸡、康复鸡的体内，通过呼吸道排菌，健康鸡可以通过呼吸道感染而发生水平传播；支原体也存在于卵巢、输卵管内，或公鸡的精液内，发生交配传播和垂直传播。
临床表现和病理变化 慢性呼吸道病的發病高峰是在21～35日龄，病鸡表现为流泪、流鼻液、咳嗽、甩鼻、呼吸道啰音，严重时可见颜面部肿胀，特别是眶下窦肿胀。种鸡产蛋率下降、种蛋合格率降低、孵化率降低、死淘率升高。病理学上主要表现为气囊炎、肝周炎和心包炎，如果混合大肠杆菌感染，情况会更严重。
防治和控制 由于鸡呼吸道疾病综合征是一类多病因的疾病，因此应该采取综合性的防治措施，早发现，早治疗，并且重在预防。因为本病的主要病原是败血支原体和大肠杆菌，因此应该着重控制这两种病原。
生物安全：生物安全是一切疾病预防的根本，包括场址选择、人员管理、害虫（鼠类、蚊蝇等）控制、饲料和饮水的卫生等。
改善饲养管理：必须做到鸡场，特别是鸡舍的全进全出饲养方式，只有这样才能够达到彻底冲洗消毒的目的。严格控制鸡舍的环境温度（育雏期间鸡舍的温差不能太大，最好不超过2°C）、湿度，加强通风换气，保证鸡群有非常高的抗病力。鸡舍的通风和保温应保持相对平衡，应该减少有害气体和温度降低对呼吸道抵抗力的影响。定期带鸡消毒，力争将环境中的病原体数量降到最低，减少疾病传播的机会。
营养：不仅要保证饲料中不缺乏蛋白质、氨基酸等常量营养物质，而且要平衡，更不能缺乏任何一种维生素或微量元素，特别是维生素A。因为维生素A是保证上皮组织完整性的维生素，如果缺乏，上皮完整性容易受到破坏，病原体相对容易入侵。其它维生素或微量元素的缺乏，有可能造成免疫系统的发育障碍。
预防免疫抑制性疾病的发生：传染性法氏囊病、马立克氏病等可以通过合适的免疫程序预防。传染性法氏囊病的疫苗毒株的毒力不能太强，特别是首免。因为虽然毒力稍强的法氏囊疫苗有非常好的保护力，但这类疫苗可造成免疫抑制，对其它疾病的保护率就会降低。由于饲料中霉菌毒素污染造成的免疫抑制的问题，可以通过在饲料中添加霉菌毒素吸附剂来减轻，或者通过原料的采购、储藏等降低霉菌毒素的含量。
免疫预防：病毒病主要依靠免疫，如新城疫、禽流行感冒、传染性支气管炎、喉气管炎主要依靠免疫预防，并结合生物安全的实施，减少疾病的传播机会。败血支原体感染也可以通过免疫预防，而且免疫保护率还可以。